Málta a jégkor végén, mintegy 12 ezer évvel ezelőtt a tengerszint emelkedésével nyerte el mai formáját, korábban összefüggő területet alkotott Szicíliával. Innen hajóztak át az első lakosok is, kb. hétezer évvel ezelőtt.
I.e. 800. körül föníciaiak alapítottak itt kolóniát, helyüket 480-ban a karthágóiak vették át. 218-ban a II. pun háború befejeztével Málta a Római Birodalom része lett. 395-ben a birodalom felbomlása után bizánci fennhatóság alá került. 1040 körül arab telepesek érkeztek meg, kulturális hatásukat az épületek jellege és a máltai nyelv nyelvtana is őrzi.
1530-ban érkezetek a szigetre a Jeruzsálemi Szent János Lovagrend – mai nevén Máltai Lovagrend- Rodoszról elűzött tagjai és telepedtek le végleg.  Az eredeti gyógyító tevékenységet később a katonai szolgálat és a vagyonharácsolás váltotta fel.
A napóleoni háborúkba Málta a franciák uralma alá került, akik ellen később az angolok segítségét kérték. Az 1814-es béke megkötésével a sziget brit gyarmat lett, bizonyos önállósággal. A lovagoknak menniük kellett, székhelyük azóta is Rómában van.
Mind a két világháború elérte a szigetet, jól védhető erődei és kikötője miatt stratégiailag fontos katonai bázis volt. Hősiességükért 1942-ben az angol király az egész máltai lakosságot György-kereszttel tüntette ki.
A függetlenedésről az 1964-es népszavazáson döntöttek, ekkor vált az ország önálló állammá. Málta 1974 óta köztársaság.
Málta 1990-ben kérte a felvételét az Európai Unióba és 2004-ben –Magyarországgal együtt- az Unió teljes jogú tagja lett.